Powiat Sejny leży na północno-wschodnim krańcu Polski w województwie podlaskim na Pojezierzu Litewskim, dokładnie na obszarze określanym jako "Ziemia Sejneńska" lub inaczej Pagórki Sejneńskie. Graniczy on z dwoma powiatami: od strony zachodniej z powiatem suwalskim (gminy Szypliszki i Suwałki), a od strony południowej z powiatem augustowskim (gminy Nowinka i Płaska), w pozostałej części graniczy z Republiką Litewską i Białorusią. Miasto Sejny położone jest nad rzeką Marychą przepływającą przez jezioro Sejny.

Miasto Sejny, siedziba Starostwa Powiatowego, jest uznawane za ośrodek obsługi ruchu turystycznego. Zlokalizowana jest tu podstawowa baza usługowa (sklepy, gastronomia, poczta, bank, punkty informacji turystycznej itp.) oraz Konsulat Republiki Litewskiej.

Powiat Sejny leży w strefie Zielonych Płuc Polski. Ważnym wyróżnikiem tego terytorium jest duża lesistość wynosząca 42% ogólnej powierzchni (35 733 ha) oraz duża ilość jezior (103). Obszar powiatu stanowi 2% ogólnej powierzchni lasów Zielonych Płuc Polski.


Rozmieszczenie lasów jest nierównomierne. Najwięcej lasów występuje w gminie Giby i stanowią one 76% ogólnej powierzchni gruntów, następnie w gminie Sejny - 27%, natomiast pozostałe gminy posiadają odpowiednio 22% (Krasnopol) i 11% (Puńsk).

Powiat - ze względu na brak uciążliwego przemysłu - wyróżnia się małym zanieczyszczeniem środowiska. Emisja zanieczyszczeń jest niewielka i wykazuje tendencje spadkowe w wyniku modernizacji głównych źródeł emisji zanieczyszczeń, jakimi są kotłownie. W ostatnich dniach grudnia 1998 r. uruchomiona została oczyszczalnia ścieków. Zakładana przepustowość oczyszczalni to 2 000m3/d i obsłużenie 13 000 mieszkańców. Realizacja tego projektu przyczyni się do wykreślenia miasta Sejny z listy obiektów szczególnie uciążliwych dla środowiska.

Mapa zagrożeń powiatu: