Powiat Sejny leży na północno-wschodnim krańcu Polski w województwie podlaskim na Pojezierzu Litewskim, dokładnie na obszarze określanym jako "Ziemia Sejneńska" lub inaczej Pagórki Sejneńskie. Graniczy on z dwoma powiatami: od strony zachodniej z powiatem suwalskim (gminy Szypliszki i Suwałki), a od strony południowej z powiatem augustowskim (gminy Nowinka i Płaska), w pozostałej części graniczy z Republiką Litewską i Białorusią. Miasto Sejny położone jest nad rzeką Marychą przepływającą przez jezioro Sejny.